Pues efectivamente, no hace falta dejar el motor en marcha durante x tiempo... en la mayoría de los casos. En los casos que no, almenos por lo que he podido observar en el leon, si no debe pararse el motor porque has ido a fuego durante 200km (es decir, que esos 200km los has hecho en 1 hora), el mismo start stop no entra en marcha, y... el día que me pasó, lo probé y estuve con el coche sin apagarlo... y cuando pasó un tiempo... unos 3 minutos o así... el start stop entró solo y paró el motor, eso me hace de pensar que el mismo coche ya sabe cuándo tiene que dar ese minuto de gracia, por eso, si se para el coche, es porque así debe ser.
Por supuesto, dejar el start stop desactivado y dejar ese tiempo de gracia de manera manual, no hará ningún mal al coche, más que quemar esas décimas de combustible ese momento jaja