Demuestras en tu comentario no tener ni idea del tema.
Las repros se basan en cambiar curvas de potencia, par motor, etc.
Para sacar dichos valores necesitas hacer una lanzada en rodillos y tener el coche en marcha y rodando para poder sacar la curva de ese vehículo.
En la ITV te meterán el cable junto con el ordenador para ver kms reales, ver qué averías tienes grabadas en la ECU y poco más.
Cuando se habla que van a mirarse los coches reprogramados es para los coches que tienen repros stage2.
Ya que en dichas repros se anulan DPF o FAP, y eso sí que es un problema en cuanto emisiones y por anular un sistema del vehículo.
Cualquier persona que se haga una repro simple, no tendrá ningún problema en la ITV.
Por otra parte, reprogramar el coche es legal, y creo que serías de hacerlo, el primer usuario en hacer una repro y homologarla, ni seguros, ni ITV, ni nadie se va a poner a mirar si el coche está trucado o no y más cuando hay mapas qué ni la propia casa sería capaz de decir si han sido modificados.